La costruzione della base di dati dell'OBL è stata effettuata tramite l'acquisizione di dati esclusivamente in formato elettronico, che vengono inseriti in strutture di dati coerenti e omogenee, vagliati rigorosamente dal punto di vista scientifico e aggiornati sulla base delle ricerche più recenti.
Nella banca dati è privilegiato il referenziamento spaziale delle informazioni: tutti i dati introdotti contengono, quindi, elementi che ne consentono il preciso riferimento sul territorio. La presenza di un certo animale, di una data pianta o di una determinata comunità è riferita ad un luogo o ad una area tramite coordinate geografiche, cosicché le segnalazioni possono essere restituite direttamente su una mappa a scala adeguata.
Grazie alle tecniche di gestione elettronica dell'informazione è possibile integrare tra loro i dati, sovrapponendoli spazialmente e/o confrontandoli nel tempo, e, infine, elaborando cartografie di sintesi relative alla distribuzione spaziale della biodiversità.
Lo sviluppo di un sistema informativo geografico (GIS) contenente dati relativi ad habitat, le osservazioni di specie vegetali di particolare interesse per la conservazione e di alcuni importanti gruppi animali è stato uno dei più importanti obiettivi dell'Osservatorio.
Con esso sono state raccolte e rese disponibili ai tecnici e al pubblico, in forma integrata e sullo sfondo di un ricchissimo corredo di strati informativi di contorno, moltissimi dati finora non pubblicati o fino ad oggi frammentati e spesso difficilmente reperibili. I dati così resi disponibili costituiscono la componente relativa alla biodiversità del Sistema Informativo Regionale Ambientale.
La base di dati presente nel database dell'OBL è sintetizzata nella seguente tabella:
| Diversità (livello di specie) | N° taxa | N° rec |
| Arthropoda, Crustacea, Amphipoda | 6 | 48 |
| Arthropoda, Insecta, Ephemeroptera | 45 | 380 |
| Arthropoda, Insecta, Plecoptera | 37 | 113 |
| Arthropoda, Insecta, Tricoptera | 75 | 340 |
| Arthropoda, Insecta, Coleoptera Carabidae | 530 | 13.456 |
| Arthropoda, Insecta, Lepidoptera Papilionoidea, Hesperioidea + Zygaenidae + Syntominae | 155 | 16.686 |
| Chordata, Amphibia & Reptilia | 48 | 11.850 |
| Chordata, Aves [nidificanti]+ | 183 | 76.862 |
| Chordata, Mammalia [75% Provincia di Roma++] | 70 | 4.503 |
| Totale | 1.149 | 67.237 |
| Emergenze | ||
| Emergenze faunistiche | 191 | 197 |
| Emergenze floristiche | 667 | 1.967 |
| Comunità ipogee | 676 | 1.547 |
| Totale | 1.534 | 3.711 |
| Comunità | ||
| Comunità di acque correnti* | 167 | 2.512* |
| Macroinvertebrati acque correnti** | 750 | 4.997** |
| Totale | 917 | 7.509 |
| Carte fitosociologiche | 30 | |
| Carte fisionomico-vegetali | 72 |
Come si può osservare dalla Tabella, nel database dell'Osservatorio sulla Biodiversità del Lazio sono presenti molti record relativi a specie di vertebrati (mammiferi, uccelli, anfibi e rettili), ma sono stati anche raccolti con particolare impegno moltissimi dati riguardanti insetti, in special modo farfalle diurne e coleotteri carabidi.